Если учет велся в экселе и на бумаге, помимо заполнения справочников, потребуется ввести начальные остатки по регистрам учета.

Для этого можно использовать регистр (ведомость) взаиморасчеты. Общая сумма долга контрагентов должна быть равна общему долгу клиентов в 1С или иной программе (в зависимости от конфигурации база для сравнения - остатки по счетам 62, 60 или регистр взаиморасчетов).

Ввести или откорректировать взаиморасчеты можно через документы - акты сверки, долги - корректировки взаиморасчетов.

Для контроля можно использовать регистр (ведомость) себестоимость товаров. Общая себестоимость должна соответствовать тому же показателю в 1С на дату перехода.
В зависимости от конфигурации 1С базой для сравнения будут остатки по счету 41 или регистр остатков/партий ТМЦ.
В отличие от других регистров, остатки товаров лучше вводить не в документы - ввод начальных остатков, а в документы - склад - оприходование излишков товаров (т.к. помимо собственно регистра остатков те же данные должны фигурировать в регистре себестоимости товаров, продукции, документ оприходования синхронно делает требуемые движения).

Корректировку остатков можно выполнить и при помощи документа "инвентаризация товаров, продукции", на основании которого заполняются документы списания,

Состояние всех регистров учета и движения по ним отражаются в отчетах, расположенных в меню «ведомости (регистры)». В них можно будет увидеть сформированные остатки и, при необходимости, перейти в документы, их сформировавшие.

В некоторых случаях может потребоваться ввод остатков по регистрам, не упомянутым выше. Это можно сделать через меню «Документы - Ввод начальных остатков».